生物有机肥实际上是在有机肥料的成品中接种微生物复合菌剂而制成。其生产工艺及设备：原料发酵制备、原料预处理、造粒干燥、冷却筛分包装、尾气净化处理5个工序，与有机肥料生产工艺和设备几乎没有区别。不同的是在有机肥料冷却筛分后端增加一台溶菌槽，一台扑菌包膜机即可完成生物有机肥的生产全过程。
扑菌包膜工艺
从有机肥成品筛分机送来的有机肥颗粒进入扑菌包膜机，将溶菌槽内配置好的复合菌剂喷入包膜机内的物料内，物料与菌剂随扑菌包膜机的转动，使复合菌剂包裹在有机肥颗粒表面制成生物有机肥，再送去包装工序进行包装即为成品。
现在有个别工厂将复合菌剂直接加入原料发酵工序或混合造粒工序生产生物有机肥，但是这样生物菌在高温烘干工序都将被高温杀死不能成为有效活菌。
扑菌包膜设备
主要是回转包膜机，规格多种，生产能力从5-60t/h不等。
生物菌剂
生物菌剂有很多种，通常选用的有枯草芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、冷冻胶样芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、抗逆芽孢杆菌等。可根据用户需求或使用地区、施用作物设计生物菌的种类和数量。