真空冷冻干燥机操作如下：
1.将料架从冷阱腔中取出，放在备用的活动硬塑料盘上(都在冷阱腔上方)，然后盖上有机玻璃罩。如果物料被封盖装置冻干，预冻后迅速将物料从预冻架上转移到封盖装置的架子上，然后盖上有机玻璃盖进行封盖。
2.系统在设备操作面板上运行。按下“真空泵”按钮，真空泵开始工作。按下“真空表”按钮，显示真空度。当真空度达到30Pa左右时，按下“加热”按钮，启动冻干工艺程序，干燥开始按照预设的工艺程序运行。
还有就是在冻干过程中，需要检查真空度时打开真空计，不检查时关闭真空计，这样可以延长真空计的使用寿命。
真空冻干机的整个冷冻干燥过程实际上是一个传热传质(水蒸气)同时进行的过程。热量和质量的传递速率共同影响干燥速率，从而影响真空冻干机的整个冻干周期。所有影响传热传质的因素都会影响干燥速率。
1.材料的形态和成分
冻干材料通常按形态分为固体和液体。冷冻干燥机中固体的形状和液体的浓度对冷冻干燥速率有很大的影响。
2.预冻速率
冷冻过程中形成的晶体大小极大地影响干燥速度和干燥产品的溶解速度。
3.装载数量
冻干过程中，分装到容器后的表面积与物料厚度存在一定的比值，即冻干与装载量有关。干燥时，料盘单位面积的湿重负荷是决定干燥时间的重要因素。一般物料堆积厚度越薄，传热传质速度越快，干燥时间越短。
4.干燥室内的压力
室内的干燥压力会影响传热和传质的速度。就传质而言，压力越低越好；就传热而言，压力越高越好。传质速率主要由升华界面和干燥层表面之间的温度和压力决定。要提高了干燥层中水蒸气的逸出率，首先要提高升华界面的温度，以增加界面水蒸气压力；二是提高冻干机的真空度，降低干燥层表面的蒸汽压。
5.热传递模式热传递模式
按照传统的分类，可以分为传导、对流、热辐射和介质加热(微波加热)。由于冻干机的升华干燥过程涉及到热量和质量(水蒸气)的传递，因此热量更有效地传递给物料的方式对干燥速率影响很大。