不同产品的共晶点不同，对冻干机（冷冻干燥机）温度要求也不同。共晶点低的产品要求冻干机制冷温度低，冷凝器（冷阱）的温度也相应地低一些。在冻干燥过程中，冻干机预冻温度要低于产品共晶点5～10℃，保证物料完全冻结。若预冻温度高于共晶点，则产品中的水分不能完全冻结，以至于水分不能完全以冰的形式升华，干燥过程容易发生局部沸腾和起泡现象，导致物料发生收缩和失形等质量问题。
冻干机板层的制冷温度范围和冷凝温度大致如下： 1、传统冷库型冻干机（低温冷库+真空干燥箱+锅炉）：板层无制冷，预冻在低温冷库进行，真空干燥箱控温范围：常温～℃，冷凝器的制冷温度为-40℃左右。这种冻干机适用于一些比较容易冻干的产品生产、例如低端的固体水果蔬菜。 2、制药冻干机：板层的制冷温度约为-55℃～-60℃，板层控温范围-60℃~80℃，冷凝器的制冷温度为-75℃左右，适用于医药产品、化妆品、原料药、生物制品等的冻干。
3、新型食品冻干机（搁板预冷型）：板层的制冷温度约为-45℃～-50℃，板层控温范围-50℃~80℃，冷凝器的制冷温度为-65℃左右，适用于固体果蔬、液体产品、热敏性产品、活性要求高的产品等食品工业领域的冻干。
4、其他冻干机：小型的钟罩型实验室冻干机板层无制冷，预冻一般在冷阱或者低温冰箱进行，冷凝器的制冷温度有-50℃~-80℃可选；中试型冻干机制冷温度-50℃，板层控温范围-50℃~80℃，冷凝器的制冷温度-70℃，有些中试型冻干机采用液氮预冻的方式。