随着新世纪我国经济的转型，畜牧业逐渐走向新常态，低碳、生态养殖成为趋势，建立畜禽粪污处理利用系统对我国畜牧业可持续发展的意义重大。粪污处理是一个系统的工程，需要实行科学化管理、无害化处理和有效利用，故提出新型的粪污处理方案，建立更加合理可行的粪污处理工艺，将成为今后的研究重点。
污水处理
氧化塘处理法
此法是利用天然水体和土壤中的微生物、植物和动物的活动来降解水中有机物的方法。猪场根据排放量的多少，利用适当面积的氧化塘，通过沉淀和净化达标后再排放。一般分为厌氧塘处理、曝氧塘处理、好氧塘植物消化、兼性塘处理等。厌氧生物处理通过厌氧发酵产沼气，降低污水中COD、BOD含量的同时，实现资源化利用，其处理费用低于好氧处理，是畜禽养殖场污水处理的主要方法之一。
人工湿地法
此法是一种模拟自然界湿地对水进行净化的方法，它由水生植物、碎石煤屑床、微生物等构成，利用植物、基质和微生物进行净化。通过沉淀、吸附、阻隔、微生物同化分解、硝化、反硝化以及植物吸收等途径去除废水中的悬浮物、有机物、氮、磷和重金属等物质。人工湿地法投资较少，能耗少，运行管理费用较低，不需要复杂的污泥处理系统，且便于管理，对周围环境的影响也较小；但此法土地占用量较大，处理效果容易受季节温度变化的影响，鉴于地下的厌氧系统出泥困难，且维修不便，并有污染地下水的可能。
粪便处理
高温快速干燥法
此法是将粪便装入干燥机，在℃的高温下经数十秒钟，将粪便中水分降到13％以下。此法快速干燥，不受天气影响，去臭、灭菌、杀虫效果明显，但养分损失大、成本高。
腐熟堆肥法
堆肥技术是将粪便和含有菌种的垫料混合堆积起来，在有氧条件下利用微生物使有机物降解，转化成腐殖质；同时通过反应过程中产生的热量使温度升高，杀灭病原微生物和寄生虫等，腐熟后再经热风干燥便成为无害的优质有机肥料，添加菌种发酵的猪粪与自然发酵的猪粪相比，其中的虫卵、大肠杆菌含量及臭味大大降低，减少了对环境的污染。腐熟堆肥法是目前处理粪便最常用的方法之一
粪污的利用
肥料
粪便经过有氧发酵或高温干燥后制成无公害高效有机肥，是减轻环境污染、充分利用农业资源最经济有效的措施。随着养殖场的集约化程度越来越高，畜禽粪便也日益集中，大型有机肥加工厂逐渐建立，一般的加工方法有有氧发酵法、快速烘干法、微波法、膨化法等。
饲料
粪便内含粗蛋白、矿物质及微量元素等，经高温高压灭菌和脱臭，可用于养鱼及其他养殖业的生产；或可经微生物发酵后制成粉状饲料。一方面能够充分利用粪便中剩余的养分，另一方面减少粪便对生态环境的污染，做到可持续发展。需要注意的是，粪便中往往含有大量病原微生物、有毒有害矿物质、药物等，需要合理加工，谨慎使用。
燃料
将粪便堆积在沼气池内，粪污中的有机物、碳水化合物、蛋白质和脂肪经过厌氧菌分解转化为沼气，沼气可以用作燃料，沼渣、沼液用于种植业肥料，实现循环利用，是目前规模猪场粪便处理的重要方法之一，但其受季节影响较大，雨季和北方冬季效果不佳。