阿特拉斯干燥机运行中的制冷技术装置，如果没有制冷剂和冷冻油，会不断产生水分、固体材料粉末、污垢等杂质，情况严重时会使节流结构的节流孔产生脏堵。因此在冷媒供液管前需要装设干燥过滤器。另外，制冷剂中的微量水分对制冷控制系统的危害很大，对冷媒、冷冻油及蒸发器、冷凝器和配管的干燥处理是很重要的。
冷媒灌注时间过少，冷干机就会出现下列问题：蒸发系统压力、冷凝压力都比工作运转压力低，但空气温度却降不下去；空压机外壳发烫，冷媒灌注过程中如果量过多，冷干机会出现很多问题，由于冷媒液体存积于冷凝器，使冷凝面积不断减小，导致部分冷凝压力升高，严重时引起高压跳闸，空压机负荷明显增加，起动过程困难；制冷剂在蒸发器中未能实现全部汽化，使湿蒸气能够进入空压机，有“液压缩”的危险；由于冷凝压力逐渐升高，使空压机制冷量减少，空气温度上升。
阿特拉斯干燥机一般使用R22作为制冷剂，其特点是无燃烧、无色、无味、毒性小，属于一般的制冷剂；R22单位体积制冷量比R12及其替代品Ra的制冷量多近百分之五十；R22与润滑油微溶，它们相互溶解在空压机曲轴箱和冷凝器中，在蒸发器中再次分离，在少量水存在的情况下，产生缓慢腐蚀金属的酸。因此，当注入制冷剂并添加制冷剂油时，要防止水进入系统。
近年来，ra作为冷水机组的制冷剂已被一些国家采用。Ra制冷剂的热力学性质与r12相似，是r12的替代品，R22在冷水机组中应用广泛，其单位容积制冷量比r12(或ra)大百分之五十左右。如果用ra代替r22，将大大改变冷干机制冷系统的热力。此外，ra对水分的要求比r22严格得多，特别是对于干燥处理的两种方式(蒸发器和冷凝器)、制冷剂和冷冻油的填充方式，对现场生产和维护都有更严格的要求，所以替换成本会很高。
热负荷计算是阿特拉斯干燥机制冷系统的基础，在有预冷器的情况下，以蒸发器的热负荷作为选择制冷系统的依据。由于散热器的工作条件是不断变化的，蒸发器的热负荷会随着入口温度、气体压力和环境条件(温度、湿度等)而变化。不同厂家蒸发器热负荷计算的原则不同，但无论如何计算，制冷压缩机的制冷量总是大于蒸发器的热负荷，否则无法保证在不同的工况下压缩空气的处理效果。