真空冷冻干燥食品加工的设备优化有几个值得注意的方面。
如今，我国市场上销售的很多真空冷冻干燥机设备会根据加工食品的不同而进行分类，然而普遍没有根据具体的应用环境细分应用模式。
很多真空冷冻干燥机设备都采取统一的处理方法，没有对同一类别食品中不同的细类进行优化，这使得在食品加工的过程中，难以提高加工质量。不同食品的水分含量不同，内部结构不同，比热、导热性质有所差异，重量和厚度各异，这使得在冷冻干燥时，需要的时间也会各有不同。
比如，草菇的共晶点为-23℃，和其他果蔬类食品之间的差异会导致采用统一的冷冻干燥标准进行加工时无法达到令人满意的效果。草菇的共熔点是-20℃，胡萝卜的共熔点是-15～-14℃，现阶段我国市售的绝大多数真空冷冻干燥机设备都不能满足对二者的同时加工要求。再以芦荟为例，其共晶点为-12℃，共熔点是-2℃，为了使凝胶形状不发生改变，芦荟在真空中加工时，温度需要维持在20℃以下。此外，我国现阶段的真空冷冻干燥机设备市场并没有形成良好的秩序，个别设备以次充好，没有达到其宣传的功能水平，造成食品加工效果不好。要想提高冷冻干燥加工技术的水平，真空冷冻干燥机设备生产厂商首先要对设备进行多功能设计，加入针对不同食品的加工模式。比如，在设计设备时，可以加入时间、温度等多种参数的调节功能，而且加工模式应分成自动加工和人工加工两种。
不仅如此，厂商还要积极学习西方发达国家的真空冷冻干燥机设备生产技术，优化自产的设备。食品加工商也要注意，在使用真空冷冻干燥机设备时，要根据食品的特性选择合适的加工方式，在保证食品外在形态的基础上，还要利用冻干技术各种参数的控制来保证食品的口感和营养价值。以草莓冻干加工为例，草莓的冷冻温度和共熔点都有一定的特殊性，生产商应根据这种特殊性来选择合适的真空冷冻干燥机设备，并通过试验，来检验设备的冻干加工效果，确保其性能达到要求，能够让加工达到预期效果之后，再进行大规模的冻干加工。