原位冻干机适合西林瓶装物料的干燥，冻干准备时，按需要将物料分装在西林瓶中，浮盖好瓶盖后进行冷冻干燥，干燥结束后操作压盖机构压紧瓶盖，可避免次污染、重新吸附水分，易于长期保存。在干燥室外部接装烧瓶，对旋冻在瓶内壁的物料进行干燥，这时烧瓶作为容器接在干燥箱外的歧管上，烧瓶中的物料靠室温加热，通过多歧管开关装置，可按需要随时取下或装上烧瓶，不需要停机。物料预冻过程，冷阱作为预冻腔预冻物料，在干燥过程，冷阱为捕水器，捕获物料溢出的水分。带预冻功能的冻干机，冷冻干燥过程物料的预冻、干燥等均在冻干机上完成，节省了低温冰箱的费用。
使用原位冻干机的详细操作流程如下：
一、样品摆放：
a、把预处理物品摆放在物料盘中，再将物料盘放到冻干架中。
b、将温度传感器放置在任一层物料盘中，测定物料的温度。
c、将冻干架放入冷阱中，盖好保温盖，准备预冻。
二、样品预冻：
a、打开设备背部的总电源开关。
b、点击屏幕中央进入界面，点击“冰箱”按钮，开始预冻。建议预冻4小时左右
c、待物品*冻结后，将冻干架从冷阱中取出。
三、样品干燥：
a、从冷井取出冻干架，将冻干架支撑板放在冷井口，冻干架放在支撑板上，或将料板放在冻干架上，冻干架直接放在冷井上方。
b、将探头放置到任意一层的物料盘上，罩上玻璃罩。
c、拧紧排水充气阀门。
d、点击屏幕上的“真空计”按钮，屏幕上显示的真空度为kpa，然后点击“真空泵”按钮启动真空泵。真空度下降迅速，真空度≤10Pa时正常，正式开始干燥（建议干燥20小时左右，由用户根据物料含水量的不同而定）。
四、取出样品：
a、检查样品曲线，目测样品是否干燥。打开排水充液阀后，点击“真空泵”按钮，真空泵停止运行。点击“真空计”按钮，真空计关闭。
b、取下玻璃罩，从冻干架上取出料盘，将样品装入料盘。单击“冰箱”按钮，关闭压缩机并停止设备。
五、关机操作：
a、关闭总电源开关，整机控制系统断电。
b、拔下电源插头、真空泵插头。
c、用软布擦拭冷阱、冻干架、托盘及玻璃罩。
d、实验型真空冷冻干燥机的真空泵在不工作的时候请盖上排气孔，防止灰尘进入。
六、排水操作：
a、待冷阱内壁凝结的冰融化成水后，旋松排水充气阀，将凝结水排出。