近年来，真空冷冻干燥机设备的自动化程度发展非常快，各厂家或公司生产的真空冷冻干燥机设备都实现了全自动控制，控制方法大同小异，各有千秋。
比如：采用分散型计算机控制系统的真空冷冻干燥机设备。上位机可采用PⅡ或以上型号的工控机，如果上位机放在环境较好的控制室中，可采用质量较好的商用甚至家用计算机。下位机由可编程控制器(PLC)、真空和制品电阻检测控制仪表、多路温度检测和控制仪表、电网检测仪表、蒸汽消毒专用仪表等组成。上下位机之间采用工业RS-串行总线连接，组成主从式多机网络。
下位机各仪表传感器可实现各种模拟信号的采集、显示，可独立实现部分控制功能，也可按上位机的指令控制。带通讯接口的PLC作为上位机的各输入输出开关量信号的接口，PLC本身具有独立的连锁保护和部分程控、定时功能，可在应急状态下配合手操台实现应急操作。
目前，国产医药用真空冷冻干燥机可以实现以下功能。
1、记录并保存所有运行参数及冻干工艺曲线；
2、打印所有运行参数，包括日期、时间、制品数量、投料号及操作者；
3、在程序连续运行过程中，可查询和显示重要参数；
4、查询及显示故障点(有故障自动检测系统)；
5、制冷系统可自动收液，这点在蒸汽消毒过程中尤为重要；
6、能测量并计算箱体的泄漏量；
7、能检测并计算箱内残余水分量，PRT系统自动判断冻干结束。
食品用真空冷冻干燥机的控制系统发展也比较快，国内较先进的控制系统由仪表控制柜、电气控制柜及各种温度、压力、液位等测量元件、气动、电动等执行元件构成。
仪表控制柜以智能控制仪和PLC可编程控制仪为核心，检测、控制和管理整个工艺流程。可预置20条温度控制工艺曲线，满足不同产品冻干需要。
配有温度、压力和液位等报警系统，具有瞬时断电自动保护功能。配有笔录仪，可自动记录干燥过程参数。控制柜上有流程模拟显示板，自动显示工作过程。