真空冻干机在中草药材冻干应用，中草药是中国独有的医药成就，传统的中草药都需要熬制，一般贮存期也都不长，而且自古有云中药不能治急病，见效不快。
中药材特别是一些名贵中药都是价值极高的产品，采用冻干技术，不仅能改变传统的中药熬制方法，通过真空冻干机真空冷冻干燥制成冻干针剂或者冻干片剂，而且可以将中药制成粉状，不仅可以药用，还能作为保健食品和功能食品的添加剂，具有广阔的市场潜力和很高的市场价值。
另外，真空冻干机也被广泛应用在西药领域，将西药制成粉末，粉针剂等。以及各类生物制品的冻干，比如各种生物室试验品、蛋白质类、精粉类、氨基酸类、植物提取物等。