冻干机在生物工程材料制备方面的应用，杨珺等用0.1％的乙酸做成组织匀浆，取其上清液在4℃下离心沉淀，其上清液即为提取的胶原。将提取的胶原按0.3％浓度溶于0.05％的乙酸溶液中，充分搅拌溶解。按胶原净重的9％，将20％的硫酸－6－软骨素C溶液滴加于胶原溶液中，搅拌混匀，经真空冷冻干燥制成0.3～0.5mm的胶原膜做真皮支架。SSD大鼠皮下试验表明，经真空冷冻干燥处理后的胶原膜组织相容性较好，无急性炎症反应，血管化能力较强，可作为真皮支架移植于创面。
角膜是眼球最外层的透明薄膜，厚度仅有0.58～0.64mm，其结构分为5层，自前向后为上皮细胞层、前弹力膜、基质层、后弹力膜和内皮细胞。徐成海等分析了真空冷冻干燥过程可能对角膜活性的影响。结果认为冻干过程中可能对角膜细胞造成损伤的时间是预冻和干燥两个阶段，通过调整工艺参数，成功冻干出合格的人眼角膜。冻干后角膜有利于长期保存，经生理盐水复水后，变成新鲜角膜相类似的结构。