实验用冻干机的整个冻干过程都是在低温低压环境下进行，冻干方式能有效地保留冻干产品的热敏性成分及原有生物特性。冻干过程是一个由低温逐渐缓慢升温的过程，如果升温过快、温度过高，容易导致冻干产品外观崩塌、品相不佳，冻干过程分为：预冻、升华干燥、解析干燥等三个阶段。
实验用冻干机实验用冻干机采用了降温结露的工作原理，主要由热交换系统、制冷系统和电气控制系统三部分组成。压缩空气首先进入预冷却器进行气-气或气-水的热交换，除去一部分热能，然后进入冷热空气交换器，和已经从蒸发器出来被冷却到压力露点的冷空气进行热交换，使压缩空气的温度进一步降低。之后压缩空气进入蒸发器，与制冷剂进行热交换，压缩空气的温度降至0-8℃，空气中的水份在此温度下析出，通过气水分离器分离后，经过自动排水器排出。而干燥的低温空气则进入冷热空气交换器进行热交换，温度升高后输出。
实验用冻干机要如何开机？
第一步,打开实验用冻干机机箱左侧的总电源开关，气压数显为大气压pk；
第二步,按住实验用冻干机控制面板上的总开关键三秒钟以上，温度数显就是冷阱的实际温度；
第三步,启动制冷机，预冷需要30分钟以上；
第四步,将样品放入样品架，盖上有机玻璃罩，同时启动真空泵；
第五步,待气压数显稳定后，记录温度和气压数值。
实验用冻干机的停机：
第一步,纪录停机前的温度和气压数值；
第二步,按住实验用冻干机控制面板的充气阀，并立即关闭真空泵；
第三步,气压数显为大气压时，打开有机玻璃罩，取出样品；
第四步,关闭制冷机，按住总开关键三秒以上，最后关闭总电源开关；
第五步,等冷阱中的冰完全化成水后，打开机箱左侧的出水阀放水，并用干布清洁冷阱内壁，盖上大张滤纸防尘。
根据用途实验室冻干机有普通型冻干机、压盖型冻干机、多歧管冻干机等用于做不同实验物料。同时需要研发冻干工艺时需要确定物料的共晶点和共熔点，可以选配共晶点测试仪。在实验科研人员选择冻干机时，需要确定实验要求，如果单纯是做冻干实验，普通钟罩式冻干机就可以。大部分实验需要确定冻干的效率为后期转化生产使用，所以冻干工艺在冻干生产是及其重要。根据药品冻干、食品冻干、工业品冻干等类别要求不一样，选择冻干机设备功能和精密度会有不同。