冻干机中会使用到除菌过滤器，其中添加的无菌制剂种类主要包括终灭菌的无菌制剂和非终灭菌的无菌制剂，使用冻干机生产的无菌制剂绝大多数都是非终灭菌的无菌制剂。对于非终灭菌的无菌制剂而言，制剂的无菌性保证主要依赖于生产过程中的无菌控制。
过滤器滤芯按照材质划分，主要有醋酸纤维素膜、硝酸纤维素膜、混合纤维素酯、聚丙烯、聚偏二氟乙烯、聚醚砜、聚酰胺等材质，所以食品用的冻干机是不用担心卫生问题的。
冻干机其实也是一种干燥设备，干燥的方法多种多样，如晒干、煮干、烘干、喷雾干燥和真空干燥等，但普通干燥方法通常都在0℃以上或更高的温度下进行。干燥所得的产品一般都存在体积缩小、质地变硬的问题，易挥发的成分大部分会损失掉，一些热敏性的物质发生变性、失活，有些物质甚至发生了氧化。
冻干机如果利用了冻干机，则不会有这些缺点，相比于传统的干燥方法，冻干处理具有以下优势：
1、因物料处于冻结状态，温度很低，所以供热的热源温度要求不高，采用常温或温度不高的加热器即可满足要求。如果冷冻室和干燥室分开时，干燥室不需绝热，不会有很多的热损失，故热能的利用很经济；
2、许多热敏性的物质不会发生变性或失活；
3、由于干燥在真空下进行，氧气极少，因此一些易氧化的物质得到了保护；
4、由于在冻结的状态下进行干燥，因此体积几乎不变，保持了原来的结构，不会发生浓缩现象；
5、干燥后的物质疏松多孔，呈海绵状，加水后溶解迅速而完全，几乎立即恢复原来的性状；
6、在低温下干燥时，物质中的一些挥发性成分损失很小；
7、由于物料中水分在预冻以后以冰晶的形态存在，原来溶于水中的无机盐类溶解物质被均匀地分配在物料之中。升华时，溶于水中的溶解物质就析出，避免了一般干燥方法中因物料内部水分向表面迁移所携带的无机盐在表面析出而造成表面硬化的现象；
8、干燥能排除95%～99%以上的水分，使干燥后产品能长期保存而不致变质；
9、在冻干过程中，微生物的生长和酶的作用无法进行，因此能保持原来的性状。
既然卫生问题不用担心，那么影响冻干机干燥过程及其冻干质量的因素，也就是一条理想的冻干曲线要受到诸如物料性质、浓度、升华面积、共晶点、热传导介质和方式、设备性能等因素的制约，但主要因素有：
1、升华界面的温度和水蒸汽逸出制品的能力前者主要由隔板的温度和干燥箱的压力所决定，而后者主要由升华界面的温度和箱内的水蒸汽分压所决定。
2、物料厚度直接影响物料的干燥时间，因为物料厚度越大，其传热传质的阻力越大，物料内部的水分就越难向外传递，所以干燥时间也就越长。
3、预冻温度和维持时间若预冻没有冻好，或冻结不实，在进入阶段升华干燥时，物料可能出现“沸腾”现象，或冻干后制品表面凹凸不平，影响外观；如果冷的过低，则浪费了能源和时间。预冻所需的时间要根据不同的具体条件来确定。但总的原则是，应使制品的各部分完全冻实。
冻干机的工作是在真空状态下，从固态的样品中直接将溶剂升华为气态而达到干燥的目的。由于是在常温甚至低温状态下干燥样品，所以不影响其样品的生物活性，并且处理后的样品呈酥松多孔状态，易于溶解。所以冻干是保存生物活性样品的好方法。
冻干机的物料预冻：
物料的预冻是冷冻干燥过程的关键步骤，预冻过程的好坏直接影响冷冻干燥产品的品质。物料预冻过程基本可分为慢速冷冻、快速冷冻，用户可根据具体需要灵活操作设备，达到物料的有效预冻。如：
1、慢速冷冻：预先准备好的物料放入冷阱，盖好保温盖，打开压缩机，预冻开始；
2、快速冷冻：先行打开压缩机，待冷阱腔温度下降到一定温度，再将预先准备好的物料放入冷阱，预冻开始；