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冻干机是真空冷冻干燥机的简称，是利用升华原理对各种物料样品进行稳定化干燥的设备。广泛应用于生物医药冻干、中药材冻干、食品冻干、酶制品冻干、菌种冻干等研发和加工使用。随着FD技术发展，冻干机在肉苁蓉冻干加工得到应用，在行业内俗称为肉苁蓉冻干机，具有保存肉苁蓉原有生物碱、氨基酸、胱氨酸、维生素和矿物质等营养成分不变，能在常温下保存较长时间的特点优势。
肉苁蓉冻干加工需要提前将物料进行挑选、清洗、切片、灭菌、沥干等工艺流程后，将含水的肉苁蓉在TF冻干机进行低温冷冻结晶成固态，再通过真空系统和循环系统进行一次干燥和解析干燥运行处理，使肉苁蓉中固体冰在真空环境下，不经液态直接升华成气体除去，留下海绵多孔状含水在2~5%的冻干肉苁蓉物料，肉苁蓉整个冻干过程通过电控PLC系统控制温度、真空等运行及确定冻干结束。整个冻干处理过程是在低温和高真空环境下运行，肉苁蓉的营养成分和微生物活性物质得到保护，酶的生长和氧化作用几乎无法进行，肉苁蓉物质中的挥发性成分和受热变性的营养成分和芳香成分损失非常少，所以能能极大限度地保持物质性状，营养成分和色、香、味、形等基本不变。
冻干机在肉苁蓉冻干加工应用能保存原有营养成分和颜色、体形等基本不变，复水性好，含水极少能在常温下保存1~3年。解决肉苁蓉药性成分和营养成分保留，方便存储、流通和使用等问题。目前广泛应用于冬虫夏草冻干、野生菌冻干、食用菌冻干、灵芝冻干、三七冻干、人参冻干等加工生产。