在实验室中，冻干机用途广泛，多被用在生物化学与制药应用中冻干长期保存的生物材料、用做结构研究(例如电镜研究)的组织样品，制作光学显微镜、电子扫描和透射显微镜观察小组织切片。
冷冻干燥也应用于化学分析中样品的浓缩和食品加工业。
冷冻干燥的原理冷冻干燥是指通过升华从冻结的生物产品中去除水分或其他溶剂的过程。相比传统的干燥后材料皱缩、破坏细胞，冻干样品因为固体成份被在其位置上的坚冰支撑着，其结构不会被破坏。在冰升华时，它会留下孔隙在干燥的剩余物质里。这样就保留了产品的生物和化学结构及其活性的完整性。
冻干机操作流程开机并设置冻干工艺参数1.打开电源开关。显示进入初始界面，点击“登录用户”。
2.输入密码，确定进入菜单，选择语言（中文或英文）进入控制界面。点击“冻干工艺”进入冻干工艺设置，设定或调取需要的组别，冻干工艺参数的设定，要根据不同物料的不同特性而定），冻干工艺设定好后点击储存，返回控制界面。
启动、运行3.逆时针旋转门把手打开仓门，将物料盘放入干燥仓内并保证物料盘与隔板完全接触。关闭仓门顺时针拧紧门把手并检查仓门四周是否密闭良好。关闭设备右下方放气阀。点击“自动运行”，设备进入自动运行状态，并记录运行剩余总时间以便在冻干结束时及时取出物料。（如在冻干结束后无法及时取出，设备会维持在工艺最后一段并保持真空状态。）
冻干结束4.冻干结束后，首先确定仓门是旋开状态，再逆时针打开设备右侧气阀充气几秒钟，点击“自动运行”，设备停止运转，打开仓门取出物料，关闭总电源。
注意事项1.设备运行前确保仓门和放气阀密闭，否则实验失败，真空泵内油喷出甚至真空泵损坏；
2.物料盘内物料不宜太厚，液体材料建议小于1cm，否则冻干不彻底；
3.设备用完后盘管捕捉到的水形成的冰会自然融化，放水放气阀门打开接一个水容器，防止水流到地面。
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