糖蜜生产酒精过程产生大量的废液，生产每1t的酒精约产生12～14t，COD8～12万mg/L，BOD54～6万mg/L的酒精废液。由于糖蜜酒精废液的特性，其治理难度很大，酒精废液较传统的处理方法是用氧化塘自然氧化，这种处理方法时间长，占用大量土地，容易对地下水造成污染，通常排放时间长、量多及大雨时氧化塘常常溢出，污染江河、农田，同时在氧化过程中产生的废气(实际是好氧和厌氧过程)也对周围空气造成污染，因此可以说糖蜜酒精废液治理和再利用是一项重大工程。
酒精废液的治理方法主要有浓缩法、发酵生产饲料蛋白法、燃烧法、生物膜、超滤膜处理法、生产光合菌法、厌氧消化生产沼气法及稀释农灌法等处理和综合利用方法。目前糖蜜原料生产酒精的废液处理主要采用以下几种方法：
一、农灌法
将酒精废液经过一定处理后灌溉农田。该方法成本低，但易破坏土壤的结构，引起土壤营养元素失衡，长期使用会使农田酸化并结块。但相关研究表明，试验施用糖蜜酒精废液可有效增加土壤速效养分，促进甘蔗作物生长。韦绍龙等采用水肥一体化浇灌糖蜜酒精废液，研究结果表明，糖蜜酒精废液可以提高蕉园土壤肥力，促进香蕉产量提升。
二、浓缩燃烧法
此工艺是将糖蜜酒精废液蒸发浓缩至锤度60～70°Bx，送至焚烧炉进行焚烧，以回收热量，残渣还可用作肥料，但蒸发酒精废液的耗能高，浓缩燃烧产生蒸汽法能较彻底治理酒精废液的污染，还能回收富钾炉灰，但蒸发系统和锅炉发电设备投资较大，运行费用很高，对生产厂家造成较大压力。
三、浓缩制有机复混肥
酒精废液含有大量的有机质和K、N、P、Ca、Mg、Mn和Zn等无机盐，也富含其它植物活性小分子，适宜来制作复混肥。由于酒精废液中的有机物胶质太多，对后工序的造粒、烘干和产品存放造成影响，必须对废液中的这些大分子有机物先进行降解，使其变成小分子，才能明显减少吸湿情况。浓废液加入多孔性吸附剂、分散剂等，有效地降低粘稠的影响，经干燥后再按一定比例加入适当的氮、磷、钾单元化肥及肥力增效剂后混合，经圆盘造粒机造粒，送转筒式干燥机干燥、筛选、包装，得到复混肥产品。
四、生物处理法
生物处理法是通过微生物对酒精废液进入厌氧、好氧或厌氧-好氧结合处理，使废液中的各种复杂有机物转化为甲烷和CO2等物质。但生物处理法占地面积较大，投资高，废液达标排放难度大，沼气的利用很难有效的解决，同时厌氧产生沼气未能彻底消除污染，由于其投资大，运行费用高，很多糖蜜酒精厂的厌氧产生沼气的治理工程都难于维持而停产。
五、酒精废液作糖厂锅炉的冲灰水
糖蜜酒精厂一般附属在糖厂内，糖厂锅炉较大，酒精废液代替水作烟气冲灰除尘。废液先用石灰中和后，利用锅炉烟气作热源，在冲灰除尘过程中，蒸发出酒精废液中的水分，废液经沉降除去炉灰，循环复用冲灰除尘，废液得到浓缩，浓度可达40°Bx。
此外糖蜜酒精废液处理方法还有絮泥法、催化氧化法等。