在微波电场中，水分子经过激烈运动摩擦而产生大量的热，使水分迅速蒸发而达到干燥的目的。微波干燥热得快、均匀、干燥温度低、时间短(仅需几小时)，不影响药材的外观色泽及组织结构，目有杀菌、杀虫作用，操作环境好。微波干燥设备的应用前景较为光明。
可以说，微波干燥设备非常适合于各类中药材饮片的干燥。经微波干燥后的饮片，其含菌数降低99%，挥发油的气相色谱图无多大变化，仅低沸点的挥发油明显减少，而生物碱、内酯、有机酸等较稳定。这是一种比较理想的干燥方法。
中药饮片微波烘干杀菌机主要采用微波技术对中药饮片进行低温烘干杀菌处理，其原理是：中药材及炮制品中的极性水分子不同程度地吸收微波能量，在交流电场中，因电场时间的变化，使极性分子发生急速振动，致使分子间互相摩擦而生热，从而达到干燥灭菌的目的。
对干中药饮片来说，不管以任何方式进行干燥，其前外理都应注意少泡多润，使干燥前药材的含水量尽可能低，不仅可缩短干燥时间，还可提高干燥后的质量。有些药材如天麻、桔梗、沙参、丹参、玉竹等如含水过多，切片干燥后颜色容易加深甚至干发黑，目易粘片，严重影响饮片的干燥及干燥后的质量。使用微波烘干设备烘干中药饮片，微波可以快速穿透物体内部里外同时使物体在很短时间内抵达平均加热杀菌，大大缩短了单调杀菌时间，从而更能提高产量。
中药饮片微波烘干设备采用药丸微波干燥机对药丸、中药粉、饮片进行干燥和灭菌，可以减轻劳动强度，提高质量，并能保证产品的药性充分保留。药物微波干燥机处理药品不仅大大提高产量，并可大大缩短干燥时间和节约大量的能源，经济效益十分明显。