每种干燥设备都有其特定的适用范围，而针对每种物料都可以找到满足基本要求的多种干燥设备，但只有一种设备是最适合的。如果选择不当，用户除了承担不必要的一次性高昂采购成本外，还要在整个使用期内付出沉重的代价，包括效率低、能耗高、运行成本高、产品质量差，甚至设备无法正常运行等问题。
以下是干燥设备选型的一般原则，很难说哪一项或哪几项是最重要的，理想的选型必须根据自身条件进行权衡，有时需要做出折中的选择：
适用性：干燥设备首先必须适用于特定物料，并满足物料干燥的基本要求，包括良好的物料处理能力（给进、输送、流态化、分散、传热、排出等），以及满足处理量、脱水量、产品质量等方面的基本要求。
干燥速率高：就干燥速率而言，对流干燥时物料高度分散在热空气中，临界含水率低，干燥速度快。但即使是对流干燥，不同的干燥方法临界含水率也不同，因此干燥速率也不同。
能耗低：不同的干燥方法具有不同的能耗指标，一般传导式干燥的热效率理论上可达%，而对流式干燥只能达到70%左右。
节省投资：完成相同功能的干燥设备，其造价有时会有很大差异，应选择造价较低的设备。
运行成本低：设备折旧、能耗、人工费、维修费、备件费等运行费用应尽量低廉。
选择结构简单、备品备件供应充足、可靠性高、寿命长的干燥设备。
符合环保要求，具备良好的工作条件和高安全性。
在选型前最好能进行物料的干燥实验，并深入了解类似物料已经使用的干燥设备的优缺点，这对于正确选型往往具有帮助。
不完全依赖过去的经验，注重吸收新技术，多听取专家的意见。
对于易燃易爆的有机溶剂，防爆封闭式实验室喷雾干燥机可以在封闭式干燥系统中循环物料。整个系统包含惰性气体（如氮气或氩气），防止有机溶剂与外界氧气接触，确保安全生产。喷雾干燥设备采用安全氮气（或其他惰性气体）封闭循环模式，整个系统关闭，并在线监测氧气浓度。一旦系统中的氧气浓度达到2%，系统将自动关闭并发出警报。
对于可燃有毒溶剂，可以通过氮气封闭循环和溶剂回收处理来确保安全。小型喷雾干燥设备也可以在低温下轻松干燥易热变性物质。此外，由于多糖和二糖的低熔点，糖在加热过程中容易融化，而且多糖和二糖本身容易吸湿，因此容易粘附在设备壁上，难以获得良好的干粉或颗粒。在这种情况下，可以通过降低喷雾干燥器的入口和出口空气温度来获得更好的实验效果。