普医消毒常用的方法大致分为三类：物理消毒法、化学消毒法和生物学消毒法。
物理消毒法物理消毒法是指用物理因素杀灭或消除病原微生物及其他有害微生物的方法。物理消毒法的特点是作用迅速，消毒物品上不遗留有害物质。常用的物理消毒方法有自然净化、机械除菌、热力灭菌和紫外线辐射等，其中具有良好的灭菌作用的方法是热力灭菌。
自然净化是指污染大气、地面、物体表面和水体的病原微生物，不经人工消毒亦可以逐步达到无害化的过程。自然净化的有关因素为日晒、雨淋、风吹、干燥、温度、湿度、空气中杀菌性化合物，水的稀释作用，水中微生物的拮抗作用等，自然净化不属于人工消毒，但在普医消毒上还是具有-定作用的。
机械除菌是单纯用机械的办法除去病原体。如畜禽舍的清扫和洗刷、饲槽的洗涤等，可以将畜禽舍的粪便、铺草、垃圾、剩料残渣清除出去，将家备体表污泥积垢刷掉。随着这些粪便污物的除去，也清除了大量的病原微生物，但此法只能使病原微生物减少，不能达到彻底消毒的目的，所以要配合其他消毒法进行。
机械除菌应在消毒前或清毒后进行，要依传染病的特性和病原微生物的特性而定。当机械清扫措施对工作人员有害时，应当先对清扫对象进行消毒，这时大多采用湿式清扫法，即在清扫前先用清水、草木灰水或3%来苏儿溶液喷酒地面，以免病原微生物随着尘土飞扬。如鸡舍、车厢必须消毒时，先酒消毒液或清水，打扫干净后，再用其他方法如化学消毒法进行清毒，这样才能达到彻底消毒的目的。
热力消毒是最实用和最有效的消毒方法，可分为干热法和湿热法两种。干热法包括干燥、灼烧、焚烧；湿热法包括煮沸、疏通蒸汽、低热消毒(巴氏消毒)、压力蒸汽灭菌等。
紫外线消毒只能杀灭大多数病原微生物，同时由于紫外线穿透力不强，不能穿透普通玻璃，尘埃、水蒸气均能阻挡紫外线，因此，只能用于空气消毒和物体表面。