冷冻干燥机的控制系统类型及功能各异，对于实验系列冷冻干燥机，主要应用于物料的冻干工艺摸索和少量试生产。因此，控制系统应可实时显示冻干过程参数并自动记录；设定、修改及有效地执行冻干工艺程序；具备通讯接口，便于数据采集、保存。
冷冻干燥机的板层温度均匀性和平整度，对产品质量的均一性有很大的影响，温度均匀性和平整度越好，则冻干产品质量的均一性也越好。冻干机搁板温度控制有加热器型和中间流体型，采用中间流体控制板层的冻干机搁板温度均匀性和平整度好，这种冻干机板层为空心夹层结构，板层的制冷和加热均通过中间流体在板层内部的流体通道循环来实现，因此板层温度均匀一致。
冷冻干燥机在实验室和实际生产中，冷冻干燥机的低使用寿命一般为15年，因此它属于需要进行技术改造的设备之列。干燥箱、冷阱、搁板和机架比其他组成部件拥有相对更长的使用寿命，同时在冷冻干燥机的材料费用支出中也占了很大比例。也就是说，对原有冷冻干燥机进行技术改造是替代购置新机的经济的解决方案。冷冻干燥机技术改造措施的评估基础是“因机而异”的，除了新的法律法规规定和有关要求之外，使用情况、自动化程度的提高、由自动化程度提高而带来的新功能以及充分节约能源等都是重要的评判标准。
实验室设备和试验设备的技术改造措施拥有清楚的技术改造范围，而生产中使用的冷冻干燥机的工作状况相对要复杂很多，现代化技术改造的内容则更多，通过一个实际案例便可以看出这些特点。在确定了冷冻干燥机技术改造的可行性之后，应邀请供应商到现场调查，尤其是对于大型的技改项目，供应商的现场调查能够更好地优化现有冷冻干燥机技术。
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